Efektywne zarządzanie większą liczbą identyfikatorów DOI wymaga automatyzacji jak największego zakresu działań z tym związanych. DataCite MDS oferuje interfejs użytkownika, który pozwala na ręczne zarządzanie identyfikatorami DOI, jednak to rozwiązania nie sprawdzi się w przypadku setek czy tysięcy identyfikatorów, zwłaszcza jeżeli będzie niezbędna masowa aktualizacja informacji powiązanych z poszczególnymi identyfikatorami.
W takiej sytuacji najprostszym rozwiązaniem jest skorzystanie z gotowych rozwiązań integrujących systemy repozytoryjne z DataCite MDS. Jeżeli jednak z jakiegoś powodu nie jest to możliwe, usługi DataCite udostępniają dodatkowo interfejs programistyczny (API), dzięki któremu można samodzielnie automatyzować zarządzanie identyfikatorami DOI. Wymaga to oczywiście umiejętności programistycznych.
DataCite udostępnia następujące rodzaje API:
Wszystkie powyższe API opracowane są w sposób umożliwiający korzystanie z nich w różnych technologiach. Szczegółowa dokumentacja API dostępna jest pod powyższymi odnośnikami oraz pod adresem https://support.datacite.org/reference.