Rejestracja i aktualizacja DOI przy pomocy DataCite DOI Fabrica może być wykonana na dwa sposoby: w wersji podstawowej poprzez prosty formularz edycyjny lub w wersji zaawansowanej, dającej pełne możliwości, poprzez wgranie pliku XML.

Schemat metadanych obsługiwany przez usługę rejestrowania identyfikatorów DOI DataCite nazywa się DataCite Metadata Schema, a jego pełna dokumentacja znajduje się pod adresem http://schema.datacite.org/.

Najpopularniejsze systemy wykorzystywane do budowy repozytoriów i platform czasopism elektronicznych w większości wspierają API DataCite i potrafią w sposób automatyczny rejestrować identyfikatory DOI dla udostępnianych materiałów.

Efektywne zarządzanie większą liczbą identyfikatorów DOI wymaga automatyzacji jak największego zakresu działań z tym związanych. DataCite MDS oferuje interfejs użytkownika, który pozwala na ręczne zarządzanie identyfikatorami DOI, jednak to rozwiązania nie sprawdzi się w przypadku setek czy tysięcy identyfikatorów, zwłaszcza jeżeli będzie niezbędna masowa aktualizacja informacji powiązanych z poszczególnymi identyfikatorami.

Podstawową usługą świadczoną przez DataCite jest rejestracja identyfikatorów DOI realizowana przez serwis DataCite MDS oraz DataCite DOI Fabrica. Poza tym DataCite nieustannie rozwija dodatkowe usługi związane z identyfikatorami DOI i powiązanymi metadanymi.

W niektórych instytucjach publicznych przyjmuje się, że dowolna usługa świadczona na rzecz danej instytucji jest opłacana po jej wykonaniu. W przypadku usługi rejestracji DOI takie podejście nie jest możliwe ze względu na sam charakter usługi. Po pierwsze, usługa rejestracji DOI ma charakter ciągły. Świadczona przez nas usługa nie jest jednorazową usługą rejestracji np. 1 000 sztuk identyfikatorów DOI, lecz polega na ciągłym (najczęściej wieloletnim) zapewnianiu dostępu do usługi pozwalającej usługobiorcy na samodzielną rejestrację dowolnej liczby identyfikatorów. Po drugie, użytkownik usługi rejestracji DOI mając do niej dostęp nawet przez krótki czas, może zarejestrować dużą liczbę identyfikatorów DOI (por. Jak zautomatyzować rejestrowanie DOI w DataCite MDS poprzez API?). Jest to proces nieodwracalny - zgodnie z założeniami systemu trwałych identyfikatorów raz zarejestrowanych identyfikatorów DOI nie można usunąć. Dlatego też, ze strony IChB PAN PCSS nieakceptowalne jest dopuszczenie w zapisach umowy do hipotetycznego przypadku, w którym usługobiorca po podpisaniu umowy otrzymuje dostęp do usługi, rejestruje dużą liczbę identyfikatorów DOI, a następnie nie opłaca faktury wystawionej już po udzieleniu dostępu do usługi. Nawet jeżeli sytuacja taka jest mało prawdopodobna, jej konsekwencje z perspektywy IChB PAN PCSS są zbyt poważne, aby ryzykować jej zaistnienie.